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Softwarewerkzeuge der Bioinformatik SS 09

Allgemeine Informationen

 

Tutoren: Barbara Hutter, PD Dr. Michael Hutter, Dr. Tihamér Geyer

Vorlesung: Mittwoch, 10:15 Uhr - 11:45 Uhr, Gebäude E 1 3, HS 001


Übung:

  • für Biologen: Mittwoch, 12:00 Uhr - 13:00 Uhr, CIP-Pool 012 und 104
  • für Bioinformatiker und Biotechnologen: Freitag, 10:15 Uhr - 11:45, CIP-Pool 104

Vorlesungssprache ist Deutsch.

Unterrichtsmaterial:
Vorlesungsskript der AG Helms.

Voraussetzungen: Grundkenntnisse von Proteinsequenzen und Proteinstrukturen. Vorkenntnisse aus Vorlesungen wie "Bioinformatik I" oder "Bioinformatik II" sind hilfreich, aber nicht erforderlich. Die Veranstaltung kann Nicht-Bioinformatikern auch als "Einführung in die Bioinformatik" dienen. Sie ist für interessierte Hörer aus der Biologie, Chemie, Biotechnologie und Pharmazie geeignet.

Inhalte: Die Veranstaltung ist in erster Linie ein praktischer Kurs und soll Kenntnisse über die Anwendung moderner Softwarewerkzeuge in der Bioinformatik vermitteln. Die Praktika werden von einer einführenden Vorlesung begleitet, die das Thema des Praktikums in einen weiteren biologischen und bioinformatischen Zusammenhang stellt. Folgende Bereiche werden behandelt:

  • Vergleich von Proteinsequenzen
  • Proteinmodellierung/struktur
  • Netzwerke(networks)

Die Studierenden lernen "interaktiv" im Bioinformatik-CIP-Pool: Wie löse ich biologische Probleme mit Tools der Bioinformatik wie  SRS, BLAST, CLUSTALW, VMD, Swiss Model, Virtual Cell und Cytoscape. Die Tools werden in Übungen vorgestellt.

Die Studenten des Bachelorstudiengangs Biologie besuchen nur die ersten 8 Wochen der Vorlesung und der einstündigen Übung für Biologen.

Die anderen Studenten besuchen die komplette Vorlesung und die zweistündige Übung. Im Rahmen dieser umfangreicheren Übung bekommt jeder Studierende drei kleine Forschungsprojekte, die mit Hilfe der in der Übung eingeführten Tools bearbeitet werden können. Die Studierenden müssen ihre Arbeit an den Projekten jeweils durch einen mindestens fünfseitigen schriftlichen Bericht dokumentieren., 

Voraussetzungen für den Schein für Biologen (2 CP): Die Veranstaltung gilt als bestanden, wenn mindestens 50% der Punkte der abschließenden Klausur erreicht worden sind. Bei Nichtbestehen der Klausur besteht die Möglichkeit einer schriftlichen oder mündlichen Nachprüfung. Diese findet im allgemeinen zu Beginn des darauffolgenden Semesters statt.

Voraussetzungen für den Schein für Bioinformatiker und Biotechnologen (9 CP): Die Veranstaltung gilt als bestanden, wenn in der abschließenden Klausur mindestens die Note 4 erreicht wurde. Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur ist das Erreichen von mindestens 50 % der maximalen Punkte aus den drei Praktikumsberichten.

Für die Note des Scheins zählt das bessere Ergebnis entweder ausschließlich aus der abschließenden Klausur oder der Kombination des Durchschnitts der benoteten Praktika und der Note der Abschlussklausur, die jeweils zu 50 % gewichtet werden.

Bei Nichtbestehen der Klausur besteht die Möglichkeit einer schriftlichen oder mündlichen Nachprüfung. Diese findet im allgemeinen zu Beginn des darauffolgenden Semesters statt.


Klausuren:

Die Ergebnisse der Abschlussklausur der Biologen finden Sie hier

Die Ergebnisse der Abschlussklausur der Bioinformatiker und Biotechnologen finden Sie hier

Die Nachklausur findet statt am Mittwoch, 18.11.09, im Seminarraum (Erdgeschoss) in Gebäude A4 3 (Praktikumsgebäude Biologie)

von 14:00 Uhr - 15:30 Uhr für die Biologen: Die Ergebnisse finden Sie hier

von 14:00 Uhr - 16:00 Uhr für die Bioinformatiker und Biotechnologen: Ergebnisse

Die Endnoten für die Bioinformatiker und Biotechnologen finden Sie hier.


Leistungspunkte/Credits: 9 CP (2 V + 2 P) (Bachelorstudiengang Bioinformatik und Masterstudiengang Biotechnologie); 2 CP (2V + 1Ü während 8 Semesterwochen) (Bachelorstudiengang Biologie)

Vorlesungen:




Biologen
Bioinformatiker/
Biotechnologen

1. Vorlesung, 22.04.09 ppt pdf Übung 1
Übung 1

2. Vorlesung, 29.04.09 ppt
pdf
Übung 2
Übung 2 (für die Übung am 8. Mai)

3. Vorlesung, 06.05.09 ppt
pdf
Übung 3
Übung 3 (für die Übung am 15. Mai)

Zusatzinformationen
BlastClustalW

4. Vorlesung, 13.05.09 ppt pdf Übung 4


5. Vorlesung, 20.05.09 ppt
pdf
Übung 5
wie Biologen

6. Vorlesung, 27.05.09 ppt
pdf
Übung 6
wie Biologen

7. Vorlesung, 03.06.09 ppt
pdf
Beispielklausur
Übung 7
Ergebnisse Projekt 1

8. Vorlesung, 10.06.09 ppt
pdf
Übung 8
Übung 7

9. Vorlesung, 17.06.09
pdf

Übung 8

10. Vorlesung, 24.06.09
pdf

Übung 9

11. Vorlesung, 01.07.09
pdf

Ergebnisse Projekt 2
Übung 10

12. Vorlesung, 08.07.09
pdf

Übung 11

13. Vorlesung, 15.07.09
pdf

Ergebnisse Projekt 3







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