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Softwarewerkzeuge der Bioinformatik SS 10

Allgemeine Informationen

 

Tutoren: Nadine Schaadt, PD Dr. Michael Hutter, Özlem Ulucan, Christian Spaniol, Dr. Tihamér Geyer

Vorlesung: Freitag, 10:00 Uhr - 12:00 Uhr, ab 18. Kalenderwoche (06.05.) Do, 8:30 Uhr - 10:00 Uhr, E2 1, Raum 007

Übung: 1. Übung: Donnerstag, 29.04., 8:30 Uhr - 10:00 Uhr, ab 18. KW (07.05.) Fr, 10:00 Uhr - 12:00 Uhr, E1 1, CIP Pool 104  

Vorlesungssprache ist Deutsch.

Unterrichtsmaterial:
Vorlesungsskript der AG Helms. Im Vergleich zum ursprünglichen Skript Teil 1 gibt es Änderungen ab Kapitel 7.
 

Voraussetzungen: Grundkenntnisse von Proteinsequenzen und Proteinstrukturen. Vorkenntnisse aus Vorlesungen wie "Bioinformatik I" oder "Bioinformatik II" sind hilfreich, aber nicht erforderlich. Die Veranstaltung kann Nicht-Bioinformatikern auch als "Einführung in die Bioinformatik" dienen. Sie ist für interessierte Hörer aus der Biologie, Chemie, Biotechnologie und Pharmazie geeignet.

Inhalte: Die Veranstaltung ist in erster Linie ein praktischer Kurs und soll Kenntnisse über die Anwendung moderner Softwarewerkzeuge in der Bioinformatik vermitteln. Die Praktika werden von einer einführenden Vorlesung begleitet, die das Thema des Praktikums in einen weiteren biologischen und bioinformatischen Zusammenhang stellt. Folgende Bereiche werden behandelt:

  • Vergleich von Proteinsequenzen
  • Proteinmodellierung/struktur
  • Netzwerke(networks)

Die Studierenden lernen "interaktiv" im Bioinformatik-CIP-Pool: Wie löse ich biologische Probleme mit Tools der Bioinformatik wie  SRS, BLAST, CLUSTALW, VMD, Swiss Model, Virtual Cell und Cytoscape. Die Tools werden in Übungen vorgestellt.

Die Studierenden besuchen die Vorlesung und die zweistündige Übung. Im Rahmen der Übung bekommt jeder Studierende drei kleine Forschungsprojekte, die mit Hilfe der in der Übung eingeführten Tools bearbeitet werden können. Die Studierenden müssen ihre Arbeit an den Projekten jeweils durch einen mindestens fünfseitigen schriftlichen Bericht dokumentieren.

Voraussetzungen für den Schein (9 CP): Die Veranstaltung gilt als bestanden, wenn in der abschließenden Klausur mindestens die Note 4 erreicht wurde. Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur ist das Erreichen von mindestens 50 % der maximalen Punkte aus den drei Praktikumsberichten.

Für die Note des Scheins zählt das bessere Ergebnis entweder ausschließlich aus der abschließenden Klausur oder der Kombination des Durchschnitts der benoteten Praktika und der Note der Abschlussklausur, die jeweils zu 50 % gewichtet werden.

Bei Nichtbestehen der Klausur besteht die Möglichkeit einer schriftlichen oder mündlichen Nachprüfung. Diese findet im allgemeinen zu Beginn des darauffolgenden Semesters statt.

Ergebnisse:      Projekt 1     Projekt 2      Projekt 3

Klausur: Montag, 02.08.2010, 10:00 Uhr - 12:00 Uhr; E1 3, HS 002

KLAUSURERGEBNISSE Die Klausur kann eingesehen werden von Mo - Do, 9:00 Uhr - 14:00 Uhr, E2 1, R. 314

Nachklausur: Mittwoch, 27.10.10, 14:00 Uhr - 16:00 Uhr, E2 1, Raum 007

ERGEBNISSE DER NACHKLAUSUR vom 27.10.10

ENDERGEBNISSE

MUSTERKLAUSUR


Leistungspunkte/Credits: 9 CP (2 V + 2 P)

Vorlesungen:

1. Vorlesung, 23.04.10
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2. Vorlesung, 30.04.10
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3. Vorlesung, 06.05.10
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4. Vorlesung, 20.05.10
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Projekt 1    Sequenzen   
5. Vorlesung, 27.05.10
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Uebung

04.06.: Bioinformatiker: keine Übung;

die Übung wird für die Biotechnologen angeboten

6. Vorlesung, 10.06.10
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    Vorlesung, 17.06.10
fällt
aus!

7. Vorlesung, 24.06.10
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8. Vorlesung, 01.07.10
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9. Vorlesung, 08.07.10
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10. Vorlesung, 15.07.10
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11. Vorlesung, 22.07.10
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