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Softwarewerkzeuge der Bioinformatik WS 07/08

Allgemeine Informationen

 

Dozent: Prof. Dr. Volkhard Helms

Tutoren: Dr. Tihamér Geyer, Barbara Hutter, Dr. Michael Hutter, Peter Walter

Vorlesung: Freitag, 8:00 Uhr - 10:00 Uhr, Gebäude E 1 3, HS 001
Übung: Freitag, 10:00 Uhr - 12:00 Uhr, CIP-Pool Bioinformatik, R. 104

Vorlesungssprache ist Deutsch.

Voraussetzungen: Grundkenntnisse von Proteinsequenzen und Proteinstrukturen. Vorkenntnisse aus Vorlesungen wie "Bioinformatik I" oder "Bioinformatik II" sind hilfreich, aber nicht erforderlich. Die Veranstaltung kann Nicht-Bioinformatikern auch als "Einführung in die Bioinformatik" dienen. Sie ist für interessierte Hörer aus der Biologie, Chemie, Biotechnologie und Pharmazie geeignet.

Inhalte: Die Veranstaltung ist in erster Linie ein praktischer Kurs und soll Kenntnisse über die Anwendung moderner Softwarewerkzeuge in der Bioinformatik vermitteln. Folgende Bereiche werden behandelt:

  • Vergleich von Proteinsequenzen
  • Proteinmodellierung/struktur
  • Netzwerke(networks)

Die Studierenden lernen "interaktiv" im Bioinformatik-CIP-Pool: Wie löse ich biologische Probleme mit Tools der Bioinformatik wie  SRS, BLAST, CLUSTALW, VMD, Swiss Model, Virtual Cell und Cytoscape. Die Tools werden in Übungen vorgestellt.

Alle vier Wochen bekommt jeder Studierende ein kleines Forschungsprojekt, das mit Hilfe dieser Tools gelöst werden kann. Die Studierenden müssen ihre Arbeit dokumentieren, indem sie einen mindestens fünfseitigen schriftlichen Bericht abgeben, nachdem die Projekte ausgegeben wurden. Die Praktika werden von einer einführenden Vorlesung begleitet, die das Thema des Praktikums in einen weiteren biologischen und bioinformatischen Zusammenhang stellt.

Voraussetzungen für den "Schein": Die Veranstaltung gilt als bestanden, wenn mindestens 50% der Punkte der abschließenden Klausur erreicht wórden sind. Für die Note zählt das bessere Ergebnis entweder ausschließlich aus der abschließenden Klausur oder der Kombination des Durchschnitts der benoteten Praktika und der Note der Abschlussklausur, die jeweils zu 50 % gewichtet werden.

Bei Nichtbestehen der Klausur besteht die Möglichkeit einer schriftlichen oder mündlichen Nachprüfung. Diese findet im allgemeinen zu Beginn des darauffolgenden Semesters statt.

Voraussetzung für die Teilnahme an der Abschlussklausur: Die Studierenden müssen mindestens 50 % der maximalen Punkte aus drei Praktikumsberichten erreichen.

Datum der Klausur: Freitag, d. 22.02.08, 8:00 Uhr, Gebäude E1 3, HS 001         

Nachklausur am Freitag, den 11. April von 10:00 Uhr - 12:00 Uhr in E1 3, HS 003: 

Leistungspunkte/Credits: 9 (2 V + 2 P) (Bachelorstudiengang)

Vorlesungen:

1. Vorlesung, 26.10.07




2. Vorlesung, 02.11.07




3. Vorlesung, 09.11.07




4. Vorlesung, 16.11.07




5. Vorlesung, 23.11.07




6. Vorlesung, 30.11.07




7. Vorlesung, 07.12.07




8. Vorlesung, 14.12.07


   
9. Vorlesung, 11.01.08


   
10. Vorlesung, 18.01.08


   
11. Vorlesung, 25.01.08


   
Vorlesung, 01.02.08


   
12. Vorlesung, 08.02.08


   
13. Vorlesung, 15.02.08


   
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